El argumento del juego es muy sencillo y básico, aunque descacharrante. El doctor Neo Cortex es un científico malvado, propietario de tres islas situadas en Australia. El pérfido doctor ha mutado a todos los animales y seres vivos de las islas, convirtiéndolos en bestias antropomorfas, que piensa utilizar para formar un ejército de monstruos y, de esta forma, dominar el mundo. El ayudante del doctor Cortex, el doctor Nitrus Brio, es un científico más loco que una regadera, ha creado un aparato llamado Evolvo-Ray, que permite hacer evolucionar a un ser vivo de forma brutal. Como el pobre Nitro Brio, lo que viene a ser ambición tiene más bien poca, le deja el instrumento a su jefe el doctor Cortex, quien decide usar la máquina para crear a un bandicoot para liderar su ejército. Pero algo sale mal en el proceso, y el pobre bandicoot escapa y es perseguido por toda la habitación. Crash (que así se llama el bandicoot) acaba siendo lanzado por la ventana del castillo y, al dia siguiente, despierta en una playa bastante atontado. Su idea era salir por piernas y salvar su vida, pero se acordó que se habia enamorado de una bandicoot hembra llamada Tawnia. De este modo, se arma de valor y parte en rumbo hacia las islas para rescatar a la chica de sus sueños y derrotar al doctor Cortex.